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肠杆菌科细菌包括一大群生物性状相似的革兰阴性无芽胞杆菌，其中部分为致病菌，如：沙门菌属、志贺菌属等;而多数为肠道正常菌群，在一定条件下可以致病，故称为条件致病菌。
肠杆菌科的分类主要根据生化反应和抗原构造，按照Bergery分类法，分为5个族、12个属。近年来由于分子生物技术的发展，现已可采用计算机技术分析各种生化反应和比较细胞核DNA的同源性等，在此基础上，目前肠杆菌科细菌分为25个属。
肠杆菌科细菌的分类表：
埃希菌属 志贺菌属 爱德华菌属 沙门菌属
拘椽酸菌属 克雷伯菌属 肠杆菌属 哈夫尼亚菌属
沙雷菌属 变形菌属 普鲁菲登菌属 多源杆菌属
莫根菌属 耶尔森菌属 克鲁菌属 欧文菌属
布丘菌属 西地西菌属 爱文菌属 塔特姆菌属
拉恩菌属 米勒菌属 勒克菌属 勒米诺菌属
Yoken菌属